VMD est capable de travailler avec de très grandes structures jusqu'aux limites de la mémoire disponible.Les versions 64 bits de VMD permettent de charger des trajectoires de simulation de grande taille et à longue échelle de temps dans la mémoire physique et de prendre en charge de grands ensembles de données volumétriques.La simulation de la capside du VIH de 64 millions d'atomes décrite dans le numéro du 30 mai 2013 de Nature est un exemple de premier ordre de ce qui peut être fait avec VMD sur une station de travail graphique convenablement équipée.Le modèle VIH-1 a été préparé pour la simulation à l'aide des outils de création de structure et les fonctionnalités de script de VMD ont ensuite été utilisées pour l'analyse de trajectoire.La structure de tous les atomes de la capside du VIH-1 montrée sur la couverture Nature a été rendue dans VMD à l'aide du moteur de traçage des rayons Tachyon interne, puis a été composée d'une représentation artistique de l'enveloppe virale et du texte de couverture Nature....