AtomEye est un logiciel de visualisation atomistique assez rapide pour gérer la sortie de simulations de dynamique moléculaire avec des millions d'atomes.Il comprend des projections parallèles et en perspective avec navigation tridimensionnelle complète, calcul personnalisable des nombres de liaisons et de coordination, codage couleur de quantités arbitraires définies par l'utilisateur, invariant de déformation atomique locale, mosaïque et traçage d'atomes colorés, jusqu'à 16 plans de coupe, condition aux limites périodiquetraductions, captures d'écran JPEG, PNG et EPS, et script d'animation ....