JMicroVision a été conçu pour décrire, mesurer, quantifier et classer les composants de toutes sortes d'images.Il possède une interface utilisateur intuitive avec des fonctionnalités puissantes et prend en charge de très grandes images.JMicroVision contient des outils avec différents degrés d'automatisation pour gérer des images complexes et variées.Comme un microscope, il permet une observation dynamique d'un spécimen avec la possibilité de combiner différents focus ou modes d'éclairage (lumière polarisée, fluorescence ...).De plus, l'objectif grossissant et l'outil multivue permettent une vue simultanée de plusieurs images, chacune ayant son propre coefficient de zoom tout en conservant une position commune au centre.